Situat la 26 km de Brăila, sediul administrativ al comunei, satul Gemenele, a luat fiinta in secolul al XIX – lea prin stabilirea unor locuitori veniti din satele Movila Miresii, Perisoru, Sutesti. Satul Gavani, localitate noua, este marcat pe harta arheologica a tarii pentru descoperirea unui important tezaur de obiecte datat in secolul IV I.Hr.

Satul de reședință al comunei a luat naștere la 1892, și nu figurează în Marele Dicționar Geografic al României din 1898–1902. Cu acest nume, dicționarul amintește doar niște movile cu numele de Gemenele, aflate în comuna Scorțaru Nou, și care în trecut erau un reper al frontierei dintre raiaua Brăilei din Imperiul Otoman și Țara Românească. În 1925, Anuarul Socec amintește satul Gemenele ca parte a comunei Scorțaru Nou. Comuna a apărut ca atare în 1931, fiind formată din satele Gemenele și Carol al II-lea.

În 1950, a fost transferată raionului Brăila din regiunea Galați. În 1968, a revenit la județul Brăila, reînființat.

Singurul obiectiv din comuna Gemenele inclus în lista monumentelor istorice din județul Brăila este situl arheologic din punctul „Muchia lui Berbec” de la 3 km sud-est de satul Gemenele. Acolo s-au descoperit o așezare geto-dacică din perioada Latène (secolele al IV-lea–al III-lea î.e.n.) și una medievală timpurie aparținând culturii Dridu (secolele al IX-lea–al X-lea).